之后要浸种消毒，因为水稻种子的壳比较厚，吸水速度慢，直接播种发芽时间较长，因此在落谷前要进行浸种，可增强酶活性，使种子吸收足够的水分，播种后能及时发芽。浸种时间的控制与水温的高低有关，水温10°C时需浸种90h；水温30C时需浸种40h。
  所以浸种时水温较低，浸种时间要长2-3d；反之水温高时，浸种时间可缩短1~2d。为了防止水稻种子带有病虫害，要对种子进行消毒，选择恶苗灵、咪鲜胺等药物浸泡种子，但需要注意药物浓度和消毒时间，浓度过大或浸泡时间过长会延缓种子发芽时间，导致出芽慢，影响水稻生长；浓度过小或浸泡时间过短则起不到消毒的效果，种子有可能还带有病害。